Καλά οχυρωμένο από τους Ενετούς τόσο από κατασκευαστική και από αρχιτεκτονική άποψη, αλλά και από την άποψη της αισθητικής του όλου τοπίου, η Σπιναλόγκα διατηρεί την εξαιρετική ομορφιά της ακόμη και σήμερα.
Λεπροκομείο
Το 1905 χρησιμοποιήθηκε ως λεπροκομείο όπου όλοι οι λεπροί της Κρήτης οδηγήθηκαν -είχαν απομονωθεί πρωτίστως στην "Μεσκινιά" έξω από το Ηράκλειο- και θεωρήθηκαν ως μια τρομερή πηγή μόλυνσης για τους άλλους ανθρώπους.
Κατά τη διάρκεια της ιταλικής και γερμανικής κατοχής οι κατακτητές δεν τολμούσαν να απελευθερώσουν τους λεπρούς και ήταν υποχρεωμένοι να στέλνουν τις προμήθειες για τους λεπρούς οι ίδιοι, δεδομένου ότι το απέναντι χωριό η Πλάκα είχε εκκενωθεί και οι κάτοικοι του είχαν εκδιωχθεί σε άλλα χωριά και επιπλέον η παράκτια περιοχή είχε καλά οχυρωθεί με πολυβολεία, τούνελ και ναρκοπέδια γιατί φοβούνταν ενδεχόμενη Βρετανική απόβαση στον τόπο αυτό. Κανένας Γερμανός ή Ιταλός πήγαν ποτέ στο νησί της Σπιναλόγκας και ως εκ τούτου από τα ραδιόφωνα που λειτουργούσαν παράνομα ο διευθυντής γιατρός Γραμματικάκης κατέγραφε τις ειδήσεις του Λονδίνου και του Καΐρου και τις μοίραζε στους κατοίκους του νησιού.
Τελικά έκλεισε το 1957, καθώς οι λεπροί είχαν θεραπευτεί με τη χρήση αντιβιοτικών.
Σύγχρονη Εποχή
Μετά το 1957 και για αρκετές δεκαετίες έμεινε αχρησιμοποίητο, αλλά κατόπιν ενδιαφέροντος των πολυάριθμων τουριστών έχει αρχίσει μια συστηματική αναστήλωση και επισκευή των παλαιών κτιρίων, των ενετικών τειχών, των παλιών σπιτιών, δρόμων κλπ. και συνεχίζεται ακόμη και σήμερα από την Αρχαιολογική Υπηρεσία.
Χιλιάδες επισκέπτες κάθε χρόνο επισκέπτονται το όμορφο αυτό νησί το καλοκαίρι με το πλοίο που ξεκινάει κάθε μία ώρα από τον Άγιο Νικόλαο, την Ελούντα και την Πλάκα φυσικά η οποία βρίσκεται ακριβώς απέναντι από το νησί σε απόσταση περίπου 800 μέτρα.